La structuration de la recherche au sein de l’UM5 a pour objectif de mettre en œuvre et de mutualiser un ensemble cohérent de moyens et de donner lieu à un haut niveau de compétences, de recherches et d’activités scientifiques que fédèrent ces groupements.
L'UM5 a lancé une restructuration de la recherche en 2017 qui a abouti à l'accréditation de :

- Centre des Sciences des Matériaux (CSM)
- Centre de Recherches Mathématiques et Applications de Rabat (CEREMAR)
- Centre de Recherche en Energie (CRE)
- Centre de Biotechnologies Végétale et Microbienne, Biodiversité et Environnement (BIOBIO)
- Geophysics, Natural Patrimony and Green Chemistry Center (GEOPAC)
- Centre Eau, Ressources Naturelles, Environnement et Développement Durable (CERNE)
- Engineering for Smart & Sustainable Systems Research Center
- Centre d’Ingénierie Civil, Eau, Environnement, Géosciences (CICEEG)
- Rabat Information Technology Center (RITC)
- Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Ingénieur et de la Santé (CRSTI)
- Centre de Biotechnologie Médicale et Innovation (BIO-INOVA)
- Centre de Génomique de Pathologies Humaines (GENOPATH)
- Centre de recherche des Sciences des Médicaments (CRSM)
- Centre Homme, Langues, Civilisations et Religions (HLCR)
- Centre Homme Espace et Société (HES)
- Centre Langues Littératures Arts et Sociétés (2LAS)
- Centre Science Interdisciplinaire des Sciences de l'Education (CISE)
- Centre Interdisciplinaire de Recherche en Performance et Compétitivité (CIRPEC)
- Centre des Etudes Stratégiques en Droit Economie et Gestion (CESDEG)
- Laboratoire de bio statistique, recherche clinique et épidémiologie
- Laboratoire de matière condensée et sciences interdisciplinaires
- Laboratoire conception et systèmes
- Laboratoire ingénierie du tourisme, patrimoine et développement durable des territoires
- Laboratoire histoire, espace, société et culture
- Laboratoire linguistique, aménagement des langues et terminologie
- Laboratoire d’études en droit, droit religieux et économie
- Laboratoire d’études et de recherche en droit public et sciences politiques
- Laboratoire finance entrepreneuriat et développement
- Laboratoire d’études et de recherches juridiques et politiques
- Laboratoire de recherche en management des organisations, droit des affaires et développement durable
- Equipe de recherche en immuno-pathologie
- Equipe Biochimie clinique, métabolique et moléculaire
- Equipe Nutrition gastroenterology and metabolicdiseases
- Equipe de recherche en cytogénétique et culture cellulaire
- Equipe de recherche nouvelles techniques de radiothérapie, amélioration des résultats thérapeutiques et de qualité de vie
- Equipe de recherche en oncologie translationnelle
- Equipe de recherche de psychiatrie, psychologie médicale et histoire de la médecine
- Equipe de recherche en exploration fonctionnelle respiratoire
- Equipe Physique des hautes énergies- modélisation et simulation
- Equipe d’informatique, mathématiques appliquées, intelligence artificielle et reconnaissance de formes
- Equipe Algorithms, networks, intelligent systems and software engineering
- Equipe Intelligent processing and security of systems
- Equipe de science de la matière et du rayonnement
- Equipe de recherche génie mécanique et énergétique: modélisation et expérimentation,
- Equipe Qualité sécurité maintenance
- Equipe Modélisation des systèmes énergétiques, des matériaux et structures mécaniques, et des procédés industriels
- Materials,energy and acoustics team
- Equipe Gouvernance de l'Afrique et du moyen –orient
- Equipe de recherche droit de l'environnement, politique publique et développement durable
- Equipe de recherche interdisciplinaire sur l'Afrique
- Equipe de recherches sur les politiques africaines
- Equipo pluridisciplinar de investigacion sobre el mundohispanico y lusofono