Le cycle du doctorat est organisé au sein des Centres d’Etudes Doctorales créés au sein des établissements universitaires.
A l’Université Mohammed V de Rabat, prés de 6 800 doctorants (dont prés de 8% de nationalités étrangères) poursuivent leurs études dans 9 Centres d’Etudes Doctorales (CEDoc).
L'encadrement des doctorants se fait dans les 52 structures de recherche accréditées.
Les Centres d'Etudes Doctorales de l'UM5 :
| Domicilié à : Faculté des Lettres et des Sciences Humaines | |
| 1 | Art, Littérature et Société |
| 2 | Psychologie Sociale du Développement et des Organisations |
| 3 | الدراسات المقارنة |
| 4 | الفكر الإسلامي المعاصر و قضايا المجتمع و البيئة في العالم المتوسطي |
| 5 | أسئلة الفلسفة ومجالاتها |
| 6 | اداب وفنون متوسطية |
| 7 | اللسانيات وقضايا اللغة العربية |
| 8 | تاريخ الزمن الراهن |
| 9 | التغير الاجتماعي والتنمية المحلية |
| 10 | Aménagement, développement et gestion de territoires |
| 11 | Gestion de l'environnement de développement durable |
| 12 | الدراسات الإسلامية وقضايا المجتمع المعاصر |
| 13 | العقائد والأديان السماوية |
| 14 | Sciences du Langage, Société et Culture |
| 15 | Sciences de l'information et de la communication |
| Domicilié à : Faculté des Sciences Juridiques Economiques et Sociales - Agdal | |
| 1 | Sciences Juridiques |
| 2 | Droit public et sciences politiques/ القانون العام والعلوم السياسية |
| 3 | Sciences économiques |
| 4 | Sciences de Gestion |
| Domicilié à : Faculté des Sciences Juridiques Economiques et Sociales - Souissi | |
| 1 | Sciences juridiques et politiques |
| 2 | Sciences de l’économie et de la gestion |
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Domicilié à : Faculté des Sciences Juridiques Economiques et Sociales - Salé |
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| 1 | التشريع مناهجه وقضاياه |
| 2 | القانون العام والعلوم السياسية |
| 3 | Economie appliquée |
| Domicilié à : Faculté des Sciences de l’Education | |
| 1 | Sciences de l'Education |
| Domicilié à : Faculté de Médecine et de Pharmacie | |
| 1 | Biologie médicale, pathologie humaine et expérimentale et environnement |
| 2 | Sciences du médicament |
| 3 | Epidémiologie clinique et sciences médicochirurgicales |
| 4 | Sciences odontologiques |
| Domicilié à : Ecole Mohammadia d’Ingénieurs | |
| 1 | Sciences et Techniques pour l’ingénieur |
| Domicilié à :Ecole Nationale Supérieure d'Informatique et d'Analyse des Systèmes | |
| 1 | Informatique |
| 2 | Sciences de l’Ingénieur |
| Domicilié à : Faculté des Sciences | |
| 1 | Sciences et Technologies |