L’histoire de l’enseignement supérieur au Maroc remonte à  la création du premier institut de recherche supérieur durant le protectorat, en 1920 : l’Institut Scientifique Chérifien, qui deviendra par la suite l’Institut Scientifique. Paradoxalement, les premières recherches menées au Maroc dans le cadre de ce cet Institut, bien avant les Sciences humaines et sociales, ont porté essentiellement sur des disciplines scientifiques telles que  la biologie, la chimie, la physique, la géologie, l’océanographie et l’anthropologie…

La même année a ensuite vu s’édifier l’Institut des Hautes Etudes Marocaines (IHEM) dont la mission consistait à favoriser et à propager la connaissance des langues arabe et berbère, de la géographie, de l’histoire, de l’ethnographie et de la civilisation marocaine. L’ancêtre de la Faculté des Lettres et Sciences Humaines était né.

Bien plus tard, en 1953, a été inauguré le Centre d’Etudes Supérieures Scientifiques qui deviendra la première Faculté des Sciences du Maroc.

Ces trois établissements ont donc constitué le terreau et le berceau à la base de l’édification de la première université moderne du Maroc. C’est ainsi qu’en 1957, à l’aube de l’indépendance du pays, et dans un esprit de modernisation et d’émancipation de la nation, est née l’Université Mohammed V. Dès lors, celle-ci assumera le défi de former les premiers cadres du Maroc indépendant et de propulser le développement économique et social du pays. Cette institution a aujourd’hui largement justifié sa réputation en accumulant plus d’un demi-siècle d’expérience durant lequel ont été formées de hautes personnalités de l’Etat dans tous les grands champs disciplinaires : Lettres et Sciences Humaines, Sciences Juridiques, Economiques et Sociales, Sciences Exactes, Sciences de l’Ingénieur et Sciences Médicales.

En outre, en tant que doyenne des universités modernes marocaines et dans le cadre de la politique nationale de régionalisation et de décentralisation des établissements de l’enseignement supérieur, elle a initié la création et l’encadrement de nombreuses autres universités des différentes régions du Maroc en créant plusieurs centres, d’abord à Casablanca et Fès, devenus par la suite des universités indépendantes.

Au fil des ans, l’université a progressivement enrichi son corps professoral et a vu le nombre de ses étudiants augmenter considérablement. Cet afflux sans cesse croissant des bacheliers a nécessité la scission de l’université en deux en 1992 : l’Université Mohammed V-Agdal et l’Université Mohammed V-Souissi. Cet éclatement longuement contesté et décrié a généré deux universités incomplètes en termes disciplinaires et qui, depuis lors, ont fonctionné en se tournant le dos. Cet état de fait a mis fin à l’harmonie qui régnait au sein de l’université unique et a perturbé la synergie qui unissait les enseignants des différents établissements en isolant les sciences médicales au sein de l’Université Mohammed V-Souissi qui, de fait, se trouvait amputée des disciplines des Sciences Juridiques, Economiques et Sociales, Sciences exactes et Sciences d’ingénieur. Devant un paysage universitaire aussi disloqué, et pour répondre à la demande croissante des étudiants, l’Université Mohammed V-Souissi a par la suite réagi en créant une école d’ingénieurs et deux Facultés de Sciences Juridiques, Economiques et Sociales l’une à Rabat et l’autre à Salé. D’autres établissements ont ensuite vu le jour de part et d’autre au sein des deux universités dont les derniers en date sont l’IEHL qui remonte à 2002 et l’annexe de l’UM5A à Abu Dhabi. L’ENS et l’ENSET, qui existaient déjà depuis les années 80, ont respectivement intégré les Universités Mohammed V Souissi et Agdal en 2010 et 2011.

Douze années plus tard, compétitivité internationale oblige, les deux universités renouent finalement avec leur passé commun en instaurant la fusion.